税関事後調査における過少申告指摘時の修正申告手続きについて

企業が輸入取引を行う際には、税関への適正な申告が極めて重要です。しかしながら、実務上の誤認や制度不理解などの理由により、輸入申告時に過少申告がなされるケースは少なくありません。そして、こうした誤申告が税関の事後調査において指摘された場合、企業には修正申告を行う義務が生じます。

最近特に多く見られるケースとして、次のような例が挙げられます。

1. 中国などから輸入する際に、輸送手段やインボイスなどの書類を輸出者に任せてしまった結果、実際の決済価格とは大きく異なる価格で輸入申告していたケース。

2. オンラインショップを運営しており、購入者への商品発送を海外メーカーからEMSやクーリエを用いて直接行う、いわゆる「ドロップシッピング型」取引を採用していた結果、実質的な輸入者は購入者ではなく販売者であると判断されたケース。

まず最初に必要となるのは、税関から送付される調査結果通知書や更正通知書、あるいは修正申告依頼書などの文書の内容を正確に確認することです。これによって、過少申告が指摘された具体的な理由、すなわち関税評価、品目分類（HSコード）の誤り、原産地の誤認、特恵関税適用要件の不充足といった点を明確に把握することができます。

次に、社内において当該輸入取引に関する記録を精査し、税関の指摘が妥当であるかどうかを検討する必要があります。この段階では、インボイス、パッキングリスト、売買契約書、関連する通信記録などの関係書類を収集し、正しい申告内容を特定します。また、税関の指摘に疑義がある場合には、補足説明資料や異議申立ての準備を検討することも重要です。

そのうえで、税関が求める形式に従って修正申告書を作成します。日本の通関手続きでは、NACCS（通関情報処理システム）を通じて電子的に申告を行うのが一般的です。修正申告書には、修正対象となる申告書番号、修正前後の申告内容、差額税額、修正の理由などを記載する必要があります。修正申告は、原則として当初の輸入申告を行った税関に提出します。この作業は通関業者に依頼するのが一般的で、ロジスティーダジャパンも県内外の企業から多くの相談を受けます。もちろん代行も承っております。

修正申告の提出後は、差額に相当する関税および消費税を速やかに納付する義務が発生します。過少申告が自主的に修正された場合には、加算税や延滞税が一部軽減される措置が適用されることもありますが、意図的な申告漏れと判断された場合には、重加算税が課される可能性もあります。

さらに、税関からの指摘内容が組織的なミスや制度的な不備に起因している場合には、企業として再発防止策を策定し、税関に対して報告を行うことが求められることもあります。これには、内部手続きの見直し、社員教育の強化、内部監査の実施、通関士や税理士との連携強化などが含まれます。

このように、税関の事後調査によって過少申告が指摘された場合には、正確かつ迅速な対応が不可欠です。また、その後の税務リスクを回避するためにも、適正な修正申告の実施が求められます。必要に応じて専門家の助言を得ながら、制度への理解を深め、社内の管理体制を強化していくことが、企業の通関実務において非常に重要です。現在輸入申告を輸出者や通関業者任せにしている場合、一度適正な申告が行われているか通関業者にチェックして貰うことをお勧めします。